21-летний уроженец Минска в динамовской системе с самого начала карьеры. В 2010/11 он дебютировал в составе «Минских зубров» – так тогда называлась динамовская команда в МХЛ. Потом продолжил выступление в бобруйском «Динамо-Шиннике».
Всего в МХЛ Карнаухов сыграл 113 матчей, в которых его средний процент отраженных бросков – 90.6%, а коэффициент надежности – 2.56.
Ярким впечатлением от дебюта в составе «Динамо-Шинника» именно в Бобруйске стала как всегда отличная атмосфера на арене, а еще победа над «Мытищинскими Атлантами» в очень тяжелой игре.
В сезоне 2014/16 и 2015/16 Михаил в основном выступал за фарм-клуб «Динамо-Молодечно», проведя в отечественной Экстралиге 43 матча. Единственный матч за «Динамо-Минск» Карнаухов провел в рамках Кубка Надежды в сезоне-2012/13.
Никогда не строю далеко идущих планов. Живу сегодняшним днем. В какой бы лиге ни оказался, за какую команду бы ни играл, – стараюсь приносить ей максимальное количество побед и играть максимально надежно.